コントロールパネルのアイコンは、レジストリで

  HKEY_CURRENT_USER
    Control Panel
      don't load

というキーの下に実行ファイル名（一覧はこちら）と同じ名前の文字列値を作っておくと、非表示にすることができます。

これらの値、上図ではデータが「No」になっていますが、「Yes」にしたとしても同じ状態になります。実はデータは何でも良くて、同じ名前の項目が登録されていると、コントロールパネルに表示されなくなる仕掛けのようです。何とも紛らわしい…。

なお、これは項目を非表示にする設定であって、起動を制限するものではありません。cpl ファイルそのものをダブルクリックしたり、ファイル名を指定して実行から呼び出せば、起動することができます。