Excel で複数のシートを選択し、まとめて PDF ファイルを作成すると、途中で出力ファイル名を入力するダイアログが数回表示され、複数の PDF ファイルに分割されてしまうことがあります。この件に関しては、Adobe のサポート情報に記述があります。

フリーソフトの PrimoPDF、CutePDF、クセロPDF で試しても同じ結果になりました。

根本的な解決方法にはなりませんが、PDF ファイルを連結するソフト（ConcatPDF）などを利用し、複数の PDF ファイルを1ファイルにまとめることは可能なようです。