『下』というのは、『うちがわ』という、意味もありますよね。おっしゃるとおり、ズボン下もそうですが、靴下は靴の内側に履くモノ、ズボン下はズボンの内側に履くもの、という事ではないでしょうか。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ｋｅｎｋｅｎさん

　下着とかの「下」と同じ意味ではないのでしょうか？　手元の辞書（新明解第三版）で「下」を引くと、 二）何かの内側にあって表から見えない所　とあります。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ｋａｎさん

　ズボン下の解釈が正解なんじゃないでしょうか。　より肌に近いほうが下という解釈です。
　立った状態での上下ではありません。　「上に羽織る」とか「下に着込む」とか言いますよね。　何ていったって「下着」と言うじゃないですか。
　こう考えると、靴よりも内側（足の肌に近い）に履くのですから「靴下」と言うのは自然な表現と言えるのではないでしょうか。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Ｔｏｍｙさん

　「ズボンの中なのに、ズボン下（股引）と言うが如し」　いささか、簡単ではございますが、特に、不思議な言い方ではないと思いますよ。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　panaderoさん